长野县八岳连峰未宝岳。长野县警大和敢助在雪山上追赶“某个男人”时，突然有什么人的影子出现在了敢助的视野中。回过神来的瞬间，“某个男人”射出的步枪子弹掠过了敢助的左眼，伴随着地面轰鸣发生了雪崩。敢助就这样...

工藤新一变回小孩后成为江户川柯南，寄居在毛利兰家，与父亲毛利小五郎一起追查黑衣人下落，并组织少年侦探团与罪犯对抗。

怪盗基德的预告信出现在了北海道函馆，斧江财阀的收藏库中。这次基德将要盗走的是，江戸幕府时期新选组副长土方岁三的日本刀。向来追逐奢华宝石的怪盗基德，居然会看上刀？此时，被称作西部名侦探的服部平次和柯南一行人，也因为剑道大会来到了函馆，在基德执行预告的当日，平次看穿了基德的伪装并对其穷追不舍。

工藤新一变回小孩，成为柯南，与毛利兰、毛利小五郎等一起追查黑衣人犯罪团伙，组成少年侦探团。

知名舞台剧女演员牧树里收到怪盗基德的预告信，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石。当晚，毛利小五郎及柯南等人来到剧场，宝石并未被盗。柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南、小兰、牧树里及其同事搭乘的飞机上，尚有一起杀人计划正被精心设计。

知名建筑设计师森谷帝二邀请新一参加茶会，柯南、小兰及毛利小五郎三人被宏伟建筑吸引。茶会上，森谷帝二攻击年轻设计师，柯南破解难题后参观展览馆。柯南收到挑战电话，化解危机后分析炸弹放置地点。柯南发现森谷帝二的不完美作品，最终揭示凶犯正是他。

描述：一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻且代表 VIP 的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨。然而更意想不到的是，那名男子居然直接称呼柯南为工藤新一。

正值万圣节之际，东京涉谷热闹非凡。涉谷HIKARIE大厦里正在举办一场婚礼，身着婚纱的便是——警视厅的佐藤警官。当柯南等宾客都在见证这场婚礼的时候，突如其来的暴徒向佐藤扑去！高木为了保护佐藤而受伤，好在性命无忧。可这时映入佐藤眼里的，是三年前爆炸事件松田阵平殉职时出现的死神的幻影，这一次出现在了高木的身上。 与此同时，那场连续爆炸事件的犯人越狱了！这是巧合吗？ 这个犯人同时也是公安警察降谷零(安室透)宿命的敌人，因为他害死了自己的同学松田。在即将追到犯人之际，突然出现了一个神秘的变装人物，给安室装上了项圈炸弹。为了解除项圈炸弹，柯南赶到了安室潜伏的地下避难所。柯南从安室口中得知了另一桩事件——三年前，安室和警校同学(现已亡)在涉谷遇到了身份不明的变装炸弹犯「普拉米亚」。 然而这时，危险已经开始笼罩搜查中的柯南等人……

日本著名造船公司八代商船设计制造了旗下第一艘豪华邮轮爱芙罗黛谛号，为庆祝该邮轮的处女航，八代商船邀请各界名流参加，上到首相下到富豪悉数前来。铃木园子的父母也接到邀请，因行程安排铃木夫妇无法出席，园子于是邀请、毛利小五郎、小兰、柯南等一众好友同行。蓝天白云，美酒佳肴，众人无不陶醉于这美好的假期之中。但是，这注定是一次不寻常的航行。先是园子突然遭人绑架，接着八代商船的女社长贵江被人杀害，与此同时董事长八代延太郎也从船上神秘失踪。此前不久，贵江的丈夫八代英人驾车时突发心脏病冲下山崖。这一连串死亡、失踪案件似乎都与 15 年前八代商船的沉船事故有关。在层层推理调查之下，隐藏的秘密渐渐浮出水面。

工藤新一变回小孩，寻找解药，寄居在小兰家，与毛利小五郎一起追查黑衣人，组织少年侦探团。

工藤新一变回小孩后成为柯南，与毛利小五郎和少年侦探团一起追查黑衣人的下落，希望得到解药。

故事发生在东京八丈岛近海，这里建成了一座连接了全球各地警方监控摄像的海洋设施“太平洋浮标”。在这座设施正式启动之前，为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，世界各国的IT工程师来到现场。而与此同时，一项应用了人脸识别系统的“新技术”的测试也在进行中…… 另一方面，柯南和少年侦探团在园子的招待下来到八丈岛赏鲸。

工藤新一变回小孩后，隐姓埋名，暗中追查黑衣人犯罪团伙，希望能得到解药。他寄居在毛利兰家，与毛利小五郎一起办案，并组织少年侦探团向罪犯宣战。

工藤新一变回小孩，成为江户川柯南，寄居在小兰家，与毛利小五郎一起追查黑衣人犯罪团伙。

虽然他是轰动世界的怪盗，却持有一张写有代码和奇怪台词的告示。